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Usando moléculas do ChemSpider

construíndo uma comunidade para químicos
O ChemSpider, como já comentamos aqui, é uma excelente máquina de procura que fornece informações variadas sobre milhões de diferentes compostos químicos.

O sistema do ChemSpider está em constante aprimoramento realizado pela equipe da Royal Society of Chmistry, da Inglaterra. E uma das funções interessantes é o Embed (embutir), que tem um resultado semelhante ao já disponível em vídeos no YouTube, ou seja, você pode embutir uma molécula presente no banco de dados do ChemSpider em qualquer outro website.

Ao utilizar a função Embed (embutir) o ChemSpider vai solicitar qual o tamanho da estrutura da molécula você deseja exibir no seu website, qual o título do seu material que usará a molécula e se deseja fazer parte dos dados coletados pelo ChemSpider. Após isto basta copiar o código para dentro do html do site que deseja enriquecer com imagens de moléculas.

A vantagem em usar tal sistema está em agregar conteúdo extra ao texto, já que a estrutura, ao ser clicada, levará para um banco de dados repleto de informações. Resultando assim em uma maior integração do seu material em toda a web. O ponto negativo é que tal uso não funcionará na ausência de conexão com a internet.

Como exemplo veja as seguintes moléculas

Capsaicina

Fenol

Ácido fólico

Serviço disponível pelo endereço
http://www.chemspider.com

OBS: a função aparece para usuários que possuem um cadastro gratuíto no sistema do ChemSpider.

Chemicalize – busca em química

O Chemicalize.org é uma máquina de procura de informações especializada em química.
Para realizar a procura basta escrever o nome da molécula (em inglês).

Vejamos um exemplo:
O naftaleno (naphthalene). No exato momento em que você termina de digitar o nome, o sistema já apresenta a estrutura logo baixo.
Basta então clicar no botão ´Chemicalize´ e você terá acesso a um extenso número de informações sobre o composto. (clique em open all para ver todas informações)
http://www.chemicalize.org/?mol=naphthalene
química do naftaleno

Ao inserir um link de uma página da internet no campo de buscas, o Chemicalize.org revela os nomes das substâncias em destaque, com exibição das estruturas das moléculas ao passar o mouse sobre.
Um teste feito com a página https://en.wikipedia.org/wiki/Ester, resulta em http://www.chemicalize.org/?q=http://en.wikipedia.org/wiki/Ester
Exemplo do resultado obtido:
pagina da wikipedia

Se você não lembra ao certo o nome da molécula em inglês, basta clicar em ´Draw Structure´ e então desenhar a estrutura para que o sistema faça a busca das informações do composto representado.

Demonstração de funcionamento

Veja em
http://www.chemicalize.org/

Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle.

Nova versão do ChemSketch

banner do site do software
A ACDLabs lançou recentemente a versão 12 do ChemSkech.
A versão não apresenta mudanças significativas e a lista de alterações pode ser acessada aqui.
Talvez o mais significativo sejam as alterações feitas na interface do InChI, para adaptar o programa às mudanças propostas pela IUPAC.

O programa pode ser baixado gratuitamente pelo endereço
http://www.acdlabs.com/
(basta preencher um rápido cadastro para ter acesso ao link de instalação.)

InChI – procurando por informações

inchi etanol wiki
InChI é um identificador textual para substâncias químicas, criado pela IUPAC para facilitar a criação de banco de dados sobre química e troca de informações sobre moléculas.
Mas o que seria um ´identificador textual´? A idéia do InChI é que com o auxílio de um software se consiga transformar a estrutura da molécula em um código único, composto de letras e números em uma única linha contínua, que consiga guardar todas as informações sobre a estrutura e particularidades do composto.
A Wikipedia nos ajuda com informações fundamentais sobre o InChI.
http://en.wikipedia.org/wiki/International_Chemical_Identifier

Já existem números e códigos que identificam uma molécula, como por exemplo o número CAS ( Chemical Abstracts Service ) e o SMILES, mas estes dois apresentam barreiras técnicas, falta de padronização e controle de direitos autorais.

Por exemplo, com o InChI do ácido ascórbico:
InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2/t2-,5+/m0/s1
Você pode fazer procuras no Google (inclusive no Google Imagens(!), no ChemSpider ( http://www.chemspider.com/Search.aspx ) ou qualquer outro banco de dados que aceita este padrão.

Um dos divulgadores fez uma palestra técnica no Google para tentar convencer a empresa a desenvolver um método de interpretação direta do InChI.
Não sei em que ponto estão as negociações entre a IUPAC e o Google.

Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle.

SMILES e ChemSketch

guia de uso do smiles
É possível obter estruturas de moléculas de forma muito rápida usando o ChemSketch e SMILES.
O SMILES ( simplified molecular input line entry specification ) é um modo de representação de estruturas químicas somente com caracteres normais (ASCII). A descrição é feita de forma única, ou seja, que não pode gerar duas estruturas químicas diferentes com o mesmo SMILES.
A IUPAC adotou recentemente o InChI ( International Chemical Identifier ) como forma padrão de representação de estruturas, mas o SMILES ainda possui o seu valor.

Fiz um pequeno tutorial de como usar o SMILES para gerar rapidamente uma estrutura no programa ChemSketch.
Basta encontrar o código SMILES para uma determinada molécula (a Wikipedia normalmente oferece o código) e então aplicar no ChemSketch (pelo menu Tools> Generate > Structures from SMILES).

Se você encontrar dificuldade em assistir o vídeo opte pela tela cheia.

Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle.