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Tag: ChemSketch

Dicas de uso do software ChemSketch

  • Interagindo com moléculas

    logo de projeto de interação com moléculas
    O conceito do projeto ´Chemieraum´ é de uma instalação interativa que permite que jovens manipulem experimentos virtuais no campo da química.
    A interação apresenta conceitos básicos de química, mas dão a possibilidade ao usuário de analisar e descobrir informações sobre moléculas e átomos, e além de ter a possibilidade de montar novas estruturas, tudo isto em uma tela interativa e dinâmica.

    –

    O “Chemieraum” foi feito em colaboração com a empresa TUMlab no Deutsche Museum, em Munique. Este museu é um local que dá aos alunos a oportunidade de explorar o mundo das ciências naturais.
    O conjunto de mesa interativa e sistema de projeção é modular e expansível, possibilitando a criação de mostras com múltiplas abordagens.

    Se você ficou com vontade de desenhar e interagir um pouco com moléculas, indico o programa ChemSketch, que talvez não tenha todo este apelo visual, mas é uma excelente ferramenta para desenho de moléculas.

    Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle ( luisbrudna@gmail.com ) – Universidade Federal do Pampa – Bagé.

  • Nova versão do ChemSketch

    banner do site do software
    A ACDLabs lançou recentemente a versão 12 do ChemSkech.

    Talvez o mais significativo sejam as alterações feitas na interface do InChI, para adaptar o programa às mudanças propostas pela IUPAC.

    O programa pode ser baixado gratuitamente pelo endereço
    http://www.acdlabs.com/
    (basta preencher um rápido cadastro para ter acesso ao link de instalação.)

  • Exibindo carbonos no ChemSketch 11

    veja no vídeo as instruções
    Normalmente o ChemSketch costuma ocultar a presença de carbonos e hidrogênio no corpo de uma molécula. Isto é feito para facilitar a visualização da mesma, eliminando informação desnecessária.

    Mas em alguns casos, para fins didáticos e de representação, a representação destes carbonos e hidrogênios é útil.

    Para demonstrar como realizar esta tarefa no ChemSketch, fiz um vídeo rápido.

    Em caso de dúvidas deixe um comentário aqui no blog.

  • InChI – procurando por informações

    inchi etanol wiki
    InChI é um identificador textual para substâncias químicas, criado pela IUPAC para facilitar a criação de banco de dados sobre química e troca de informações sobre moléculas.
    Mas o que seria um ´identificador textual´? A idéia do InChI é que com o auxílio de um software se consiga transformar a estrutura da molécula em um código único, composto de letras e números em uma única linha contínua, que consiga guardar todas as informações sobre a estrutura e particularidades do composto.
    A Wikipedia nos ajuda com informações fundamentais sobre o InChI.
    https://en.wikipedia.org/wiki/International_Chemical_Identifier

    Já existem números e códigos que identificam uma molécula, como por exemplo o número CAS ( Chemical Abstracts Service ) e o SMILES, mas estes dois apresentam barreiras técnicas, falta de padronização e controle de direitos autorais.

    Por exemplo, com o InChI do ácido ascórbico:
    InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2/t2-,5+/m0/s1
    Você pode fazer procuras no Google (inclusive no Google Imagens(!), no ChemSpider ( http://www.chemspider.com/ ) ou qualquer outro banco de dados que aceita este padrão.

    Um dos divulgadores fez uma palestra técnica no Google para tentar convencer a empresa a desenvolver um método de interpretação direta do InChI.
    Não sei em que ponto estão as negociações entre a IUPAC e o Google.

    Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle ( luisbrudna@gmail.com ) – Universidade Federal do Pampa – Bagé.

  • Criando estrutura no ChemSketch 11 – v1

    guia para o chemsketch tela
    Criei um vídeo com uma explicação de como desenhar a estrutura de um biciclo-(2,2,2)-octano.


  • SMILES e ChemSketch

    guia de uso do smiles
    É possível obter estruturas de moléculas de forma muito rápida usando o ChemSketch e SMILES.
    O SMILES ( simplified molecular input line entry specification ) é um modo de representação de estruturas químicas somente com caracteres normais (ASCII). A descrição é feita de forma única, ou seja, que não pode gerar duas estruturas químicas diferentes com o mesmo SMILES.
    A IUPAC adotou recentemente o InChI ( International Chemical Identifier ) como forma padrão de representação de estruturas, mas o SMILES ainda possui o seu valor.

    Fiz um pequeno tutorial de como usar o SMILES para gerar rapidamente uma estrutura no programa ChemSketch.
    Basta encontrar o código SMILES para uma determinada molécula (a Wikipedia normalmente oferece o código) e então aplicar no ChemSketch (pelo menu Tools> Generate > Structures from SMILES).



    Se você encontrar dificuldade em assistir o vídeo opte pela tela cheia.

    Texto escrito por Luís Roberto Brudna Holzle – Professor Doutor na Universidade Federal do Pampa ( luisholzle@unipampa.edu.br )