Tag: ChemSketch

Interagindo com moléculas

logo de projeto de interação com moléculas
O conceito do projeto ´Chemieraum´ é de uma instalação interativa que permite que jovens manipulem experimentos virtuais no campo da química.
A interação apresenta conceitos básicos de química, mas dão a possibilidade ao usuário de analisar e descobrir informações sobre moléculas e átomos, e além de ter a possibilidade de montar novas estruturas, tudo isto em uma tela interativa e dinâmica.


O “Chemieraum” foi feito em colaboração com a empresa TUMlab no Deutsche Museum, em Munique. Este museu é um local que dá aos alunos a oportunidade de explorar o mundo das ciências naturais.
O conjunto de mesa interativa e sistema de projeção é modular e expansível, possibilitando a criação de mostras com múltiplas abordagens.

Se você ficou com vontade de desenhar e interagir um pouco com moléculas, indico o programa ChemSketch, que talvez não tenha todo este apelo visual, mas é uma excelente ferramenta para desenho de moléculas.

Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle.

Nova versão do ChemSketch

banner do site do software
A ACDLabs lançou recentemente a versão 12 do ChemSkech.
A versão não apresenta mudanças significativas e a lista de alterações pode ser acessada aqui.
Talvez o mais significativo sejam as alterações feitas na interface do InChI, para adaptar o programa às mudanças propostas pela IUPAC.

O programa pode ser baixado gratuitamente pelo endereço
http://www.acdlabs.com/
(basta preencher um rápido cadastro para ter acesso ao link de instalação.)

Exibindo carbonos no ChemSketch 11

veja no vídeo as instruções
Normalmente o ChemSketch costuma ocultar a presença de carbonos e hidrogênio no corpo de uma molécula. Isto é feito para facilitar a visualização da mesma, eliminando informação desnecessária.

Mas em alguns casos, para fins didáticos e de representação, a representação destes carbonos e hidrogênios é útil.

Para demonstrar como realizar esta tarefa no ChemSketch, fiz um vídeo rápido.

Em caso de dúvidas deixe um comentário aqui no blog.

InChI – procurando por informações

inchi etanol wiki
InChI é um identificador textual para substâncias químicas, criado pela IUPAC para facilitar a criação de banco de dados sobre química e troca de informações sobre moléculas.
Mas o que seria um ´identificador textual´? A idéia do InChI é que com o auxílio de um software se consiga transformar a estrutura da molécula em um código único, composto de letras e números em uma única linha contínua, que consiga guardar todas as informações sobre a estrutura e particularidades do composto.
A Wikipedia nos ajuda com informações fundamentais sobre o InChI.
http://en.wikipedia.org/wiki/International_Chemical_Identifier

Já existem números e códigos que identificam uma molécula, como por exemplo o número CAS ( Chemical Abstracts Service ) e o SMILES, mas estes dois apresentam barreiras técnicas, falta de padronização e controle de direitos autorais.

Por exemplo, com o InChI do ácido ascórbico:
InChI=1/C6H8O6/c7-1-2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5/h2,5,7-10H,1H2/t2-,5+/m0/s1
Você pode fazer procuras no Google (inclusive no Google Imagens(!), no ChemSpider ( http://www.chemspider.com/Search.aspx ) ou qualquer outro banco de dados que aceita este padrão.

Um dos divulgadores fez uma palestra técnica no Google para tentar convencer a empresa a desenvolver um método de interpretação direta do InChI.
Não sei em que ponto estão as negociações entre a IUPAC e o Google.

Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle.

SMILES e ChemSketch

guia de uso do smiles
É possível obter estruturas de moléculas de forma muito rápida usando o ChemSketch e SMILES.
O SMILES ( simplified molecular input line entry specification ) é um modo de representação de estruturas químicas somente com caracteres normais (ASCII). A descrição é feita de forma única, ou seja, que não pode gerar duas estruturas químicas diferentes com o mesmo SMILES.
A IUPAC adotou recentemente o InChI ( International Chemical Identifier ) como forma padrão de representação de estruturas, mas o SMILES ainda possui o seu valor.

Fiz um pequeno tutorial de como usar o SMILES para gerar rapidamente uma estrutura no programa ChemSketch.
Basta encontrar o código SMILES para uma determinada molécula (a Wikipedia normalmente oferece o código) e então aplicar no ChemSketch (pelo menu Tools> Generate > Structures from SMILES).

Se você encontrar dificuldade em assistir o vídeo opte pela tela cheia.

Texto escrito por Prof. Dr. Luís Roberto Brudna Holzle.